鉴于目前全国小产权房数量众多，且待建、在建、完工和已经入住等各种形式都有，不可能全部都拆除或没收，也不可能短期内都将其占有的农村集体土地全部征收为国有土地，将小产权房全部转变为大产权房。然而，既然大量社会资金和建筑材料已经投入小产权房建设中，就不要强制拆除，这也符合建设资源节约型、环境友好型社会的客观要求。尤其是在目前我国住房市场总体上需求仍然很大、相当一部分城市居民“望房兴叹”的大背景下，小产权房的住房保障功能更加凸显，若仅仅采取强制拆除的办法，也会产生诸多不良后果：

一是拆除后的小产权房所占有的农村土地未必能很快复耕，且复耕质量也未必能保证与建房前一样好;二是造成大量在建、已建的住房建设资金和建筑材料被浪费，这是对社会财富的巨大浪费;三是拆除后使得部分购房者“无家可归”，购房所用的全部积蓄也付之东流，很可能激化社会矛盾，严重影响社会稳定;四是很可能造成部分地区房地产市场供应紧张、甚至反而推高房价。

总之，目前我国住房资源较为稀缺，违法建筑也是社会财富，只要不涉及质量、环保、安全等涉及生命财产安全的问题，对于符合城乡统筹发展规划、土地利用规划，且未占用耕地的小产权房，显然不应强制拆除。即使对于违法占用耕地建设的小产权房，如果不存在安全问题、不属于不能居住的危房，也不宜简单一拆了之。作为对违法占用耕地建设小产权房的替代性惩罚措施，政府可采取两种方式：一是对于通过占补平衡的方式要求开发商和农村集体组织另行开发出相同数量、质量的耕地;二是没收部分小产权房并将其作为保障性住房。