笔者认为，目前经济适用房存在以下问题：

总量不足

很多低收入居民没有机会得到经济适用房。2005年6月，北京天通苑小区放号5000个，结果有数千人通宵排队，最后开发商在政府干预下提前放号。所排的房号甚至出现了网上交易的情况，有的房号本身甚至被报出三万元的价格。有专家对此进行分析，认为此种现象的出现，除了放号方式落后之外，总量不足才是深层次的原因。

涉嫌腐败

按照政府的初衷，只有收入较低，居住条件不佳的居民才可以申请购买经济适用房。但实际中，一些不符条件想要购买经济适用房的人都可以通过购买审批，不但收入较高的人可以购买，拥有多套房产的人也有办法买到。2007年9月，福州市房管局在对申请人摇号后公布的购房名单中出现同一身份证号码摇中三套住房以及多名17位与19位非法身份证号码等可疑情况。

名不符实

经济适用房的房产(物业)应当是较为实惠的。但是，超大面积的户型也不少见，甚至包括跃层。2007年5月，福州市房管局推出394套经济适用房，单套建筑面积在110平方米至180平方米之间，总价在30万至40万元的有8套;40万至50万元的有105套;50万至60万元的有109套;60万至70万元的有83套;70万至80万元的有58套;80万至90万元的有27套;90万元以上的有4套。虽然每平方米单价较市场低，但是总价高导致真正需要购买低价房的低阶层市民无能力购买。

负福利

北京2002年以前的经济适用住房(就是现在被说成的“经济适用房”)和商品房价格差不多，不限制购买，而且电视、报纸上还有卖房广告，2000年就开始打广告的经济适用住房，到了2003年才卖完。后来房价上涨，而经济适用房的房价没有涨。到了2009年，“商品房”房价翻了7倍，而“经济适用房”交易价只翻了5倍，购买经济适用房的人损失2倍房价的机会成本，这时要改善居住条件，损失的2倍房价的机会成本就成为实际发生的损失。所以，对于早期购买“经济适用房”的购房者而言，享受了政府的负福利。